La relación de CESAL con este país se remonta a 1997, cuando de la mano de la ONG local Fondo para la Paz, se comienza a trabajar en el Estado de Oaxaca, uno de los más pobres y marginados del país. Desde entonces, ambas instituciones han trabajado conjuntamente en varias comunidades rurales de Oaxaca a través de diversas acciones encaminadas a asegurar la autosuficiencia alimentaria, mejorar los servicios sanitarios y la educación higiénica.

En el año 2007, gracias principalmente a la colaboración de la Fundación MAPFRE, CESAL emprende otra línea de actuación en México dirigida a mejorar la educación de niños en extrema pobreza en las áreas urbano-marginales de ciudades como México D.F., Oaxaca y Campeche, en colaboración con diferentes asociaciones locales dedicadas a esta tarea.