En el año 2007, la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo propone a CESAL llevar a cabo una intervención binacional Perú-Ecuador, para la mejora de la habitabilidad y el desarrollo urbano. Así comienza el trabajo de CESAL en Ecuador, centrando su trabajo en Pisullí y otros barrios colindantes del Norte de Quito, junto a la Fundación Sembrar, y en Portoviejo, junto a la Corporación Universitaria Estudio y Trabajo (CUET). Con estas organizaciones y otras instituciones públicas o privadas como el Fondo Ecuatoriano Populorum Progressio (FEPP), CESAL contribuye a mejorar las condiciones de vida de poblaciones de zonas vulnerables, mediante el fortalecimiento de instrumentos de reordenación territorial y planificación urbana, especialmente en habitabilidad básica, agua y saneamiento, y la construcción y mejora de las infraestructuras existentes.

En 2009, junto a la Fundación Sembrar, CESAL inicia un programa de desarrollo de la infancia y juventud que apuesta por mejorar la educación básica y la formación laboral juvenil, generando, al mismo tiempo, empleos y microempresas juveniles en algunos barrios del Norte de Quito.