La intervención de CESAL en el país entre 2007 y 2010 ha estado vinculada a la lucha contra la mortalidad materno-infantil, que es la más alta de los países de Centroamérica. La lucha contra la mortalidad y a favor de la salud de los menores y de las mujeres pone en juego todos los factores del desarrollo, ya que los problemas de salud están estrechamente relacionados con la marginalidad de las poblaciones rurales, la falta de acceso al agua potable y la sanidad, las condiciones de maltrato familiar o la carencia de una adecuada educación higiénica.

Gracias al convenio de cooperación firmado con la AECID para un periodo de 4 años y en colaboración con los ministerios y las organizaciones de Cáritas, CESAL ha trabajado para que las propias comunidades rurales dispongan de los conocimientos y los medios para dar respuesta a sus emergencias y para que las instituciones encargadas de velar por la salud, tanto los ministerios como las Cáritas diocesanas, mejoren sus sistemas de atención y referencia en los establecimientos de salud.