CESAL inició su trabajo en Guatemala en el año 1996 con un programa de atención básica sanitaria para poblaciones urbano-marginales y comunidades indígenas rurales. Este trabajo se realizó de la mano de la Central General de Trabajadores Guatemaltecos (CGTG), socio con el que continuamos trabajando en otros proyectos de apoyo al sector productivo en comunidades rurales de Chicacao y Santa Bárbara.

En 2006, tras la tormenta tropical STAN, CESAL inicia una importante etapa de fortalecimiento de su presencia en el país con la apertura de una oficina local y la conformación de un equipo de trabajo para participar, gracias a los convenios de cooperación firmados con la AECID, en los trabajos de reconstrucción de las zonas devastadas, así como en la mejora de la salud materno-infantil en varias zonas del país.  En 2011 CESAL terminó los proyectos en Guatemala.